三代微生物組測序分析是指針對特定樣品（如糞便、唾液、土壤、水體等）中的微生物群落（含病毒顆粒），提取總基因組 DNA 或富集病毒核酸后，利用 Pacbio/cyclone 高通量測序平臺(tái)進(jìn)行超長讀長測序，再通過生物信息學(xué)方法進(jìn)行基因組組裝，進(jìn)而分析微生物（含病毒）的序列、豐度、多樣性、致病性等信息，以實(shí)現(xiàn)微生物群落注釋鑒定、新病毒發(fā)現(xiàn)等目標(biāo)的技術(shù)體系。該技術(shù)通過超長讀長優(yōu)勢克服了二代測序讀長較短的缺陷，有效提高了基因組組裝準(zhǔn)確性及微生物群落分析的精準(zhǔn)度。