針對分離純化后的單一微生物（真核病毒、噬菌體、細菌等）提取基因組，并根據病毒基因組的核酸類型（DNA或RNA）和單雙鏈特點，采用不同的建庫方案構建小片段文庫，進行高通量測序，然后利用生物信息學方法進行組裝、基因預測和功能注釋，從而獲得其全基因組圖譜，進而開展更深入的基因組相關的研究。